start script

setup.R

+setwd("~/")
+################################################################################
+#	step0: Prepare Priors and datasets
+################################################################################
+Rscript /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/priors/data/make_dataset.R
+Rscript /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/priors/go/get_go_features.R
+Rscript /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/priors/coexpression/make_coex_features_all.R
+Rscript /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/priors/go_vs_coex/go_vs_coex_analysis.R
+################################################################################
+#	step2: GBLUP without priors
+################################################################################
+Rscript /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/using_conda/GBLUP/psii/gblup_model.R
+Rscript /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/using_conda/GBLUP/pla/gblup_model.R
+################################################################################
+#	step3: Multi-BLUP
+################################################################################
+cd /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/using_conda/multiblup
+Rscript make_pheno_file.R
+sh run_multiblup.sh
+Rscript analysis.R
+################################################################################
+#	step4: GBLUP with biology driven marker subsetting (using photosysnthesis genes)
+################################################################################
+cd /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/using_conda/using_PSGENES/
+Rscript make_GRM.R
+Rscript psii/gblup_using_psgenes_model.R
+Rscript pla/gblup_using_psgenes_model.R
+Rscript gblup_vs_gfblup_analysis.R
+################################################################################
+#	step5: GFBLUP with GO priors
+################################################################################
+cd /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/using_conda/using_GO
+Rscript psii/run_models.R
+Rscript pla/run_models.R
+Rsript psii/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R
+Rscript pla/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R
+################################################################################
+#	step6: GFBLUP with COEX priors
+################################################################################
+cd /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/using_conda/using_COEX
+Rscript psii/run_models.R
+Rscript pla/run_models.R
+Rscript psii/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R
+Rscript pla/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R
+
+################################################################################
+#	step7: Aggregate Analysis
+################################################################################
+cd /mnt/LTR_userdata/faroo002/arabidopsis/GP/using_conda/
+Rscript aggregate_analysis.R