das.py

#!/usr/bin/env python

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# First order of business is always to make all other python modules accessible through the path
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import sys
import os
import logging
dummy = sys.path.append(os.getcwd())

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# Next, import the tools needed to initialize a data assimilation cycle
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from da.tools.initexit import StartLogger
from da.tools.initexit import ValidateOptsArgs
from da.tools.initexit import ParseOptions

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# Parse and validate the command line options, start logging
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dummy       = StartLogger()
opts, args  = ParseOptions()
opts,args   = ValidateOptsArgs(opts,args)

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# Create the Cycle Control object for this job    
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from da.tools.initexit import CycleControl

DaCycle     = CycleControl(opts,args)

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### IMPORT THE APPLICATION SPECIFIC MODULES HERE, TO BE PASSED INTO THE MAIN PIPELINE!!! ##
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from da.tools.pipeline import EnsembleSmootherPipeline
from da.platform.maunaloa import MaunaloaPlatForm 
from da.ct.dasystem import CtDaSystem 
from da.ct.statevector import CtStateVector 
from da.ct.obs import CtObservations 
from da.tm5.observationoperator import TM5ObservationOperator 
from da.ct.optimizer import CtOptimizer

PlatForm    = MaunaloaPlatForm()
DaSystem    = CtDaSystem('da/rc/carbontracker.rc')
ObsOperator = TM5ObservationOperator('/Users/peters/Modeling/TM5/tm5-ctdas-inv-ei-6x4.rc')
Samples     = CtObservations()
StateVector = CtStateVector()
Optimizer   = CtOptimizer()

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################### ENTER THE PIPELINE WITH THE OBJECTS PASSED BY THE USER ###############
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from da.tools.pipeline import header,footer

msg          = header+"Entering Pipeline "+footer      ; logging.info(msg) 

EnsembleSmootherPipeline(DaCycle,PlatForm, DaSystem, Samples,StateVector,ObsOperator,Optimizer)


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################### All done
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