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Farooq, Muhammad
pub1
Commits
ae7dbf70
Commit
ae7dbf70
authored
4 years ago
by
Farooq, Muhammad
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da4386e5
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setup.R
+27
-16
27 additions, 16 deletions
setup.R
with
27 additions
and
16 deletions
setup.R
+
27
−
16
View file @
ae7dbf70
...
@@ -89,41 +89,52 @@ library(org.At.tair.db)
...
@@ -89,41 +89,52 @@ library(org.At.tair.db)
# step2: Prepare Phenotype dataset
# step2: Prepare Phenotype dataset
################################################################################
################################################################################
message
(
'Calculating BLUEs for PLA dataset...'
)
message
(
'Calculating BLUEs for PLA dataset...'
)
s
ource
(
"
BLUES.R"
)
#PLA
s
ystem
(
"Rscript
BLUES.R"
)
#PLA
################################################################################
################################################################################
# step3: Prepare Genotype dataset
# step3: Prepare Genotype dataset
################################################################################
################################################################################
message
(
'Calculating Minor Allele Count Matrix...'
)
message
(
'Calculating Minor Allele Count Matrix...'
)
system
(
"sh make_M_matrix.sh"
)
setwd
(
"../data"
)
m
=
paste
(
"cat ath_all_new_maf_ldpruned.map | awk \'BEGIN{printf \"accession\"}{printf \"\t%s\",$2;}END{printf \"\\n\";}\' >test1"
)
n
=
paste
(
"cat ath_all_new_maf_ldpruned.ped | awk \'{printf \"%s\",$1; for(i=7;i<=NF;i++){if($i==\"11\"){printf \"\\t2\";}else if($i==\"22\"){printf \"\\t0\";}else {printf \"\\t1\";}}printf \"\\n\";}\'>test2"
)
o
=
paste
(
"cat test1 test2 > MAC"
)
p
=
paste
(
"rm test1"
)
q
=
paste
(
"rm test2"
)
system
(
m
)
system
(
n
)
system
(
o
)
system
(
p
)
system
(
q
)
setwd
(
"../code"
)
################################################################################
################################################################################
# step4: Prepare GRM Priors and datasets
# step4: Prepare GRM Priors and datasets
################################################################################
################################################################################
message
(
'Calculating GRM...'
)
message
(
'Calculating GRM...'
)
s
ource
(
"
make_dataset.R FALSE"
)
#the argument FALSE means, analysis will not be re-run again instead pre-calculated values will be used.
s
ystem
(
"Rscript
make_dataset.R FALSE"
)
#the argument FALSE means, analysis will not be re-run again instead pre-calculated values will be used.
message
(
'Calculating GRM from GO groups...'
)
message
(
'Calculating GRM from GO groups...'
)
s
ource
(
"
make_go_features_all.R FALSE"
)
s
ystem
(
"Rscript
make_go_features_all.R FALSE"
)
message
(
'Calculating GRM from COEX groups...'
)
message
(
'Calculating GRM from COEX groups...'
)
s
ource
(
"
make_coex_features_all.R FALSE"
)
s
ystem
(
"Rscript
make_coex_features_all.R FALSE"
)
################################################################################
################################################################################
# step5: GBLUP without priors
# step5: GBLUP without priors
################################################################################
################################################################################
s
ource
(
"
GBLUP/psii/gblup_model.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
GBLUP/psii/gblup_model.R"
)
s
ource
(
"
GBLUP/pla/gblup_model.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
GBLUP/pla/gblup_model.R"
)
s
ource
(
"
GBLUP/psii/gblup_analysis.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
GBLUP/psii/gblup_analysis.R"
)
s
ource
(
"
GBLUP/pla/gblup_analysis.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
GBLUP/pla/gblup_analysis.R"
)
################################################################################
################################################################################
# step6: GFBLUP with GO priors
# step6: GFBLUP with GO priors
################################################################################
################################################################################
s
ource
(
"
using_GO/run_models.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
using_GO/run_models.R"
)
s
ource
(
"
psii/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
psii/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R"
)
s
ource
(
"
pla/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
pla/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R"
)
################################################################################
################################################################################
# step7: GFBLUP with COEX priors
# step7: GFBLUP with COEX priors
################################################################################
################################################################################
s
ource
(
"
using_COEX/run_models.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
using_COEX/run_models.R"
)
s
ource
(
"
psii/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
psii/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R"
)
s
ource
(
"
pla/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
pla/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R"
)
################################################################################
################################################################################
# step8: Aggregate Analysis
# step8: Aggregate Analysis
################################################################################
################################################################################
s
ource
(
"
aggregate_analysis.R"
)
s
ystem
(
"Rscript
aggregate_analysis.R"
)
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