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Commit ae7dbf70 authored by Farooq, Muhammad's avatar Farooq, Muhammad
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...@@ -89,41 +89,52 @@ library(org.At.tair.db) ...@@ -89,41 +89,52 @@ library(org.At.tair.db)
# step2: Prepare Phenotype dataset # step2: Prepare Phenotype dataset
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message('Calculating BLUEs for PLA dataset...') message('Calculating BLUEs for PLA dataset...')
source("BLUES.R") #PLA system("Rscript BLUES.R") #PLA
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# step3: Prepare Genotype dataset # step3: Prepare Genotype dataset
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message('Calculating Minor Allele Count Matrix...') message('Calculating Minor Allele Count Matrix...')
system("sh make_M_matrix.sh") setwd("../data")
m=paste("cat ath_all_new_maf_ldpruned.map | awk \'BEGIN{printf \"accession\"}{printf \"\t%s\",$2;}END{printf \"\\n\";}\' >test1")
n=paste("cat ath_all_new_maf_ldpruned.ped | awk \'{printf \"%s\",$1; for(i=7;i<=NF;i++){if($i==\"11\"){printf \"\\t2\";}else if($i==\"22\"){printf \"\\t0\";}else {printf \"\\t1\";}}printf \"\\n\";}\'>test2")
o=paste("cat test1 test2 > MAC")
p=paste("rm test1")
q=paste("rm test2")
system(m)
system(n)
system(o)
system(p)
system(q)
setwd("../code")
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# step4: Prepare GRM Priors and datasets # step4: Prepare GRM Priors and datasets
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message('Calculating GRM...') message('Calculating GRM...')
source("make_dataset.R FALSE") #the argument FALSE means, analysis will not be re-run again instead pre-calculated values will be used. system("Rscript make_dataset.R FALSE") #the argument FALSE means, analysis will not be re-run again instead pre-calculated values will be used.
message('Calculating GRM from GO groups...') message('Calculating GRM from GO groups...')
source("make_go_features_all.R FALSE") system("Rscript make_go_features_all.R FALSE")
message('Calculating GRM from COEX groups...') message('Calculating GRM from COEX groups...')
source("make_coex_features_all.R FALSE") system("Rscript make_coex_features_all.R FALSE")
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# step5: GBLUP without priors # step5: GBLUP without priors
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source("GBLUP/psii/gblup_model.R") system("Rscript GBLUP/psii/gblup_model.R")
source("GBLUP/pla/gblup_model.R") system("Rscript GBLUP/pla/gblup_model.R")
source("GBLUP/psii/gblup_analysis.R") system("Rscript GBLUP/psii/gblup_analysis.R")
source("GBLUP/pla/gblup_analysis.R") system("Rscript GBLUP/pla/gblup_analysis.R")
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# step6: GFBLUP with GO priors # step6: GFBLUP with GO priors
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source("using_GO/run_models.R") system("Rscript using_GO/run_models.R")
source("psii/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R") system("Rscript psii/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R")
source("pla/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R") system("Rscript pla/gblup_vs_gfblup_using_go_analysis1.R")
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# step7: GFBLUP with COEX priors # step7: GFBLUP with COEX priors
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source("using_COEX/run_models.R") system("Rscript using_COEX/run_models.R")
source("psii/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R") system("Rscript psii/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R")
source("pla/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R") system("Rscript pla/gblup_vs_gfblup_using_coexpression_analysis1.R")
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# step8: Aggregate Analysis # step8: Aggregate Analysis
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source("aggregate_analysis.R") system("Rscript aggregate_analysis.R")
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