"""CarbonTracker Data Assimilation Shell (CTDAS) Copyright (C) 2017 Wouter Peters. 
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updates of the code. See also: http://www.carbontracker.eu. 

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version 3. This program is distributed in the hope that it will be useful, but 
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#!/usr/bin/env python

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# First order of business is always to make all other python modules accessible through the path
#################################################################################################

import sys
import os
import logging
sys.path.append(os.getcwd())

#################################################################################################
# Next, import the tools needed to initialize a data assimilation cycle
#################################################################################################

from da.tools.initexit import start_logger, validate_opts_args, parse_options, CycleControl
from da.tools.pipeline import ensemble_smoother_pipeline, header, footer
from da.platform.capegrim import CapeGrimPlatform
from da.baseclasses.dasystem import DaSystem
from da.co2gridded.statevector import CO2GriddedStateVector 
from da.baseclasses.obs import Observations
from da.baseclasses.optimizer import Optimizer
from da.baseclasses.observationoperator import RandomizerObservationOperator



#################################################################################################
# Parse and validate the command line options, start logging
#################################################################################################

start_logger()
opts, args = parse_options()
opts, args = validate_opts_args(opts, args)

#################################################################################################
# Create the Cycle Control object for this job    
#################################################################################################

dacycle = CycleControl(opts, args)

platform = CapeGrimPlatform()
dasystem = DaSystem(dacycle['da.system.rc'])
obsoperator = RandomizerObservationOperator(dacycle['da.obsoperator.rc'])
samples     = Observations()
statevector = CO2GriddedStateVector()
optimizer = Optimizer()

##########################################################################################
################### ENTER THE PIPELINE WITH THE OBJECTS PASSED BY THE USER ###############
##########################################################################################


logging.info(header + "Entering Pipeline " + footer) 

ensemble_smoother_pipeline(dacycle, platform, dasystem, samples, statevector, obsoperator, optimizer)


##########################################################################################
################### All done, extra stuff can be added next, such as analysis
##########################################################################################

logging.info(header + "Starting analysis" + footer) 
sys.exit(0)

save_weekly_avg_1x1_data(dacycle, statevector)
save_weekly_avg_state_data(dacycle, statevector)
save_weekly_avg_tc_data(dacycle, statevector)
save_weekly_avg_ext_tc_data(dacycle)
write_mole_fractions(dacycle)

sys.exit(0)