#!/usr/bin/env python

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# First order of business is always to make all other python modules accessible through the path
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import sys
import os
import logging
dummy = sys.path.append(os.getcwd())

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# Next, import the tools needed to initialize a data assimilation cycle
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from da.tools.initexit import start_logger
from da.tools.initexit import validate_opts_args
from da.tools.initexit import parse_options

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# Parse and validate the command line options, start logging
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dummy       = start_logger()
opts, args  = parse_options()
opts,args   = validate_opts_args(opts,args)

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# Create the Cycle Control object for this job    
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from da.tools.initexit import CycleControl

DaCycle     = CycleControl(opts,args)

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### IMPORT THE APPLICATION SPECIFIC MODULES HERE, TO BE PASSED INTO THE MAIN PIPELINE!!! ##
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from da.tools.pipeline import ensemble_smoother_pipeline
from da.platform.huygens import HuygensPlatForm 
from da.ct.dasystem import CtDaSystem 
#from da.ct.statevector import CtStateVector 
from da.ctgridded.statevector import CtGriddedStateVector 
#from da.ct.obspack import ObsPackObservations 
from da.ct.obspack_geocarbon import ObsPackObservations 
#from da.ct.obs import CtObservations 
from da.tm5.observationoperator import TM5ObservationOperator 
from da.ct.optimizer import CtOptimizer

PlatForm    = HuygensPlatForm()
DaSystem    = CtDaSystem(DaCycle['da.system.rc'])
ObsOperator = TM5ObservationOperator(DaCycle['da.obsoperator.rc'])
Samples     = ObsPackObservations()
#Samples     = CtObservations()
StateVector = CtGriddedStateVector()
Optimizer   = CtOptimizer()

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################### ENTER THE PIPELINE WITH THE OBJECTS PASSED BY THE USER ###############
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from da.tools.pipeline import header,footer

msg          = header+"Entering Pipeline "+footer      ; logging.info(msg) 

ensemble_smoother_pipeline(DaCycle,PlatForm, DaSystem, Samples,StateVector,ObsOperator,Optimizer)


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################### All done, extra stuff can be added next, such as analysis
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msg          = header+"Starting analysis"+footer      ; logging.info(msg) 


from da.analysis.expand_fluxes import save_weekly_avg_1x1_data
from da.analysis.expand_fluxes import save_weekly_avg_state_data
from da.analysis.expand_fluxes import save_weekly_avg_tc_data
from da.analysis.expand_fluxes import save_weekly_avg_ext_tc_data
from da.analysis.expand_mixingratios import write_mixing_ratios
from da.analysis.summarize_obs import summarize_obs

savedas      = save_weekly_avg_1x1_data(DaCycle, StateVector)
savedas      = save_weekly_avg_state_data(DaCycle, StateVector)
savedas      = save_weekly_avg_tc_data(DaCycle, StateVector)
savedas      = save_weekly_avg_ext_tc_data(DaCycle)
savedas      = write_mixing_ratios(DaCycle)
savedas      = summarize_obs(DaCycle)

sys.exit(0)