#!/usr/bin/env python

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# First order of business is always to make all other python modules accessible through the path
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import sys
import os
import logging
sys.path.append(os.getcwd())

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# Next, import the tools needed to initialize a data assimilation cycle
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from da.tools.initexit import start_logger, validate_opts_args, parse_options, CycleControl 
from da.tools.pipeline import ensemble_smoother_pipeline, header, footer, analysis_pipeline, archive_pipeline
from da.platform.cartesius import CartesiusPlatform 
from da.carbondioxide.dasystem import CO2DaSystem 
from da.carbondioxide.optimizer import CO2Optimizer
from da.carbondioxide.obspack_geocarbon import ObsPackObservations
#from da.carbondioxide.statevector import CO2StateVector 
from da.co2gridded.statevector import CO2GriddedStateVector 
#from da.carbondioxide.obspack import ObsPackObservations 
#from da.carbondioxide.obs import CO2Observations 
from da.tm5.observationoperator import TM5ObservationOperator 


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# Parse and validate the command line options, start logging
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start_logger()
opts, args = parse_options()
opts, args = validate_opts_args(opts, args)

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# Create the Cycle Control object for this job    
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dacycle = CycleControl(opts, args)

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### IMPORT THE APPLICATION SPECIFIC MODULES HERE, TO BE PASSED INTO THE MAIN PIPELINE!!! ##
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platform = CartesiusPlatform()
dasystem = CO2DaSystem(dacycle['da.system.rc'])
obsoperator = TM5ObservationOperator(dacycle['da.obsoperator.rc'])
samples = ObsPackObservations()
#samples     = CtObservations()
statevector = CO2GriddedStateVector()
optimizer = CO2Optimizer()

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################### ENTER THE PIPELINE WITH THE OBJECTS PASSED BY THE USER ###############
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logging.info(header + "Entering Pipeline " + footer) 

ensemble_smoother_pipeline(dacycle, platform, dasystem, samples, statevector, obsoperator, optimizer)


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################### All done, extra stuff can be added next, such as analysis
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analysis_pipeline(dacycle, platform, dasystem, samples, statevector, obsoperator )

archive_pipeline(dacycle, platform, dasystem)

sys.exit(0)